OCW kan de CMMBO vragen een onderzoek te doen en een advies uit te brengen. De commissie kan ook zelf initiatief nemen voor een onderzoek. Als de onderzoeksvraag is vastgesteld, wordt aan enkele onderzoeksbureaus gevraagd een offerte uit te brengen voor het onderzoek. Nadat aan een van de bureaus de opdracht is gegund wordt het onderzoek uitgevoerd en brengt het bureau een rapport uit. Op basis van de onderzoeksresultaten formuleert de CMMBO een advies voor de minister van OCW.